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美国生物技术信息网 生物技术的信息技术发展

来源:朵拉利品网  |  2019-06-28 00:03:08

1, 生物技术的信息技术发展



(1)生物技术推动超级计算机产业的发展。随着人类基因组计划各项任务的完成,有关核酸、蛋白质的序列和结构数据呈指数增长。面对如此巨大而复杂的数据,只有运用计算机进行数据管理、控制误差、加速分析过程,使得人类最终能够从中受益。然而要完成这些过程,并非一般的计算机力所能及,而需要具有超级计算能力的计算机。因此,生物技术的发展将对信息技术提出更高的需求,从而推动信息产业的发展。比较有说服力的例子是,2001年11月22日出版的《自然》杂志上,以色列科学家宣布研制出一种由dna分子和酶分子构成的微型“生物计算机”,一万亿个这样的计算机仅一滴水那样大,运算速度达到每秒10亿次,准确率为99.8%。当然像所有的新技术一样,有的科学家表示怀疑。他们认为,这种试管里的计算机存在致命的缺陷,因为生化反应本身存在一定的随机性,这种运算的结果可能不完全精确;而且,参与运算的dna分子之间的不能像传统计算机一样通信,只能“各自为战”,不足以处理一些大型计算。
欧美各国及日本相继成立了生物信息数据中心,美国有国家生物技术信息中心(ncbi)、英国有欧洲生物信息研究所(ebi)、日本有70余家制药、生物及高技术公司组成的“生物产业信息化共同体”等。而戈德曼-萨克斯财团2001年的一份报告显示,美国国际商用机器公司(ibm)、sun、康伯和摩托罗拉等公司每家已至少与生物技术公司和调研公司达成12项合作意向,共有140多项合作协议,合作内容涉及到各种技术领域,包括基因芯片,用计算机模拟药效等。
(2)生物技术将从根本上突破计算机的物理极限。使用的计算机是以硅芯片为基础,由于受到物理空间的限制、面临耗能和散热等问题,将不可避免地遭遇发展极限,要取得大的突破,需要依赖于新材料的革新。2000年美国加利福尼亚大学洛杉矶分校的科学家根据生物大分子在不同状态下可产生有和无信息的特性,研制出分子开关(molecular switches)。2001年世界首台可自动运行的DNA计算机问世,并被评为当年世界十大科技进展。2002年,DNA计算机研究领域的先驱阿德勒曼教授利用简单的DNA计算机,在实验中为一个有24个变量、100万种可能结果的数学难题找到了答案,DNA计算机的研制迈出了重要一步。
信息产业和生物产业无疑都是高科技的产物,在生命科学的研究中,始终不能缺少计算机的工作,如果到基因组测序的研究所去看一看,大量的以超级计算机为基础的测序仪,会使你误以为到了一家信息技术公司。生物产业因计算机的加盟而提速,信息技术产业也因生命科学的需要而得以发展、获利。运用数学、计算机科学和生物学的各种工具,来阐明和理解大量基因组研究获得数据中所包含的生物学意义,生物学和信息学交叉、结合,从而形成了一个新的学科。生物信息学或信息生物学,它的进步所带来的效益是不可估量的。美国已经出现了大批基于生物信息学的公司,希冀在基因工程药物、生物芯片、代谢工程等领域掘出财富,生物信息学工业潜力巨大。可以说,生物科技(生物技术)与信息科技(信息技术)的融合,才是世界经济市场的未来。在深圳举行的第三届中国国际高新技术成果交易会高新技术论坛上,中国工程院副院长侯云德院士指出,应该把生物技术产业定位为仅次于信息产业的重点产业。他说,信息和生物技术是关系到我国新世纪经济发展和国家命运的关键技术,并将成为我国创新产业的经济增长点。

一 美国国家生物技术信息中心NCBI(National Center for
Biotechnology Information)
NCBI是一个极具人性化的网站,网站的主页清晰的阐明了NCBI所做的工作及相关领域最新的热点内容,新闻等。为了方便使用者更加熟练使用网站资源,NCBI在主页清晰的标注了站点导航,非常便于初学者熟悉和掌握NCBI的站内资源。
另外,NCBI将其网站资源列于主页左侧,其中包括:SITE MAP, About NCBI, GenBank, Literature
databases, Molecular databases, Genomic biology, Tools, Research at
NCBI, Software engineering, Education, FTP site, Contact
information等等。
二EBI(European
Bioinformatics Institute)欧洲生物信息研究所The European
Bioinformatics Institute(EBI)是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一,位置座落于英国The Wellcome Trust
Genome Campus。EBI的任务就是确保分子生物与基因体的研究信息可以公开并且免费提供给科学社群,以促进科学进步。
EBI所提供的服务包括建立/维护数据库、提供分子生物相关信息服务、执行分子生物与计算分子生物研究;所服务的对象与研究人员扩及各产业,包括分子生物、基因体、医学与农业学术研究、农业、生物技术、化学与制药工业。
三DDBJ(DNA Data Bank of
Japan)日本核酸数据库
DDBJ(DNA Data Bank of Japan)
设立在日本国家遗传研究所(NIG),于1986年开始DNA数据库的构建工作。从一开始,DDBJ就作为国际性DNA数据库之一,发挥着重要的作用。它
首先反映的是日本国内数据库的资源,并与NCBI,EBI进行频繁的国际性合作。DNA序列中蕴含了大量的数据资源,比起其它生物学数据,它在阐述进化方面的作用更为直接。因此,探求DNA数据库,不仅是在生命科学方面的研究,更是为人类的发展谋福利。
DDBJ是日本唯一的DNA数据库,它从研究者那里收集DNA 序列并且给数据提交者一个国际公认的编码。DDBJ
主要从日本研究者那里收集数据,当然,它也接受外国研究者的数据并给以编码。

3, qPCR技术新发展在哪些生物技术网站有详细的介绍



qPCR(Quantitative PCR,定量PCR)技术具有准确度,灵敏度高等特点,它的诞生无疑是生命科学研究领域的福音,解决了不少实验难题,并且获得了大量重要的研究发现。随着科技的日益发展,这项技术也获得了不少创新发展,最近一篇题为“qPCR Innovations and Blueprints”的文章介绍了这方面的新发展,也提供了qPCR的实验操作指南(从实验设计到分析前样品收集,以及数据处理和结果公布)。该文章发表在新一期(10月7日)Science杂志上。
文章指出,qPCR技术能快速获得大量高质量数据,从而使得微流体(Microfluidics),以及微型化技术(miniaturization)成为可能。这种平台是发展高通量和高灵敏度技术(比如数字PCR,和单细胞分析)的工具,研究人员能利用这些方法解决遗传学,和癌症生物学中的难题,获得新的研究和分析检测成果。
创新技术
数字PCR(digital PCR)这一新技术的已经出现一段时间了,早在1997年,Kalinina等就描述了这一方法,之后Vogelstein等在美国PNAS发表了第一篇针对“Digital PCR”的文章。
这项技术由于采用了这种独特的定量方式,其在检测Copy Number Variation (CNV)方面有很大的优势。Nature Methods上面的一篇文章阐述了对这一技术的重大改进,有效了增加了反应槽的数量,使其密度达到了普通数字PCR的100倍。由于反应密度的增加,其准确度也相应的增加。这一被称作百万像素数字PCR的技术的检测范围(dynamic range)达到107,能够检测到十万分之一的突变,以及1%的染色体异常。




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相关概念


PCR

聚合酶链式反应是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术,它可看作是生物体外的特殊DNA复制,PCR的最大特点,是能将微量的DNA大幅增加。因此,无论是化石中的古生物、历史人物的残骸,还是几十年前凶杀案中凶手所遗留的毛发、皮肤或血液,只要能分离出一丁点的DNA,就能用PCR加以放大,进行比对。这也是“微量证据”的威力之所在。由1983年美国Mullis首先提出设想,1985年由其发明了聚合酶链反应,即简易DNA扩增法,意味着PCR技术的真正诞生。到如今2013年,PCR已发展到第三代技术。1973 年,台湾科学家钱嘉韵,发现了稳定的TaqDNA聚合酶,为PCR技术发展也做出了基础性贡献。

技术

是指人们利用现有事物形成新事物,或是改变现有事物功能、性能的方法。技术应具备明确的使用范围和被其它人认知的形式和载体,如原材料(输入)、产成品(输出)、工艺、工具、设备、设施、标准、规范、指标、计量方法等。

qPCR

QPCR的英文全名是Real-time Quantitative PCR Detecting System。即实时荧光定量核酸扩增检测系统,也叫实时定量基因扩增荧光检测系统,简称QPCR。

 
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