1, 国外与生物信息学相关的网站有哪些
国外与生物信息学相关的网站有哪些生物信息学高度依赖于网络。实际上，你需要的几乎所有资源，都可以从网上下到。你需要关注你研究领域所需要的那些，而不是全部的资源。我原来常用的：NCBI：持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具，以及BLAST序列比对搜索工具，PUBMED文献数据库，Taxonomy数据，COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库，BLAST的单机程序，以及各种工具程序。EBI：和NCBI类似，欧洲搞的对等物。感觉EBI网站比NCBI要清楚简洁。另外EBI网站整合了更多的工具，比如多序列比对。Uniprot：全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分：SwissProt是人工校对过的，TrEMBL是自动校对的。Pfam：蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西，而且找到的东西是结构域。Rfam:RNA的，类似Pfam。RDP:16S rRNA库。除了序列，它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier，可以对输入序列进行物种分类，效率和准确性较直接使用BLAST更高。GreenGenes：也是16S库，不过它只收集比较全的序列。它提供了一个16S的标准化比对，并基于这个东西搞了个物种分类工具。EMBOSS：一个工具包，提供了几百个进行序列操作的工具。BioPerl、BioPython:Perl和Python的生物学模块。R：类似matlab的语言，有一大堆的生物学包。SOAP：华大基因搞的高通量测序工具包，有de-novo拼接的，有mapping的，还有一些后续分析的。bowtie：一个用于序列mapping的软件。samtools：用于操纵、分析高通量序列mapping的结果。功能非常灵活，但有点复杂。fastx toolkit：用来操纵高通量测序序列的工具包。
2, 生物系统分析？
系统分析方法是指把要解决的问题作为一个系统，对系统要素进行综合分析，找出解决问题的可行方案的咨询方法。它能在不确定的情况下，确定问题的本质和起因，明确咨询目标，找出各种可行方案，并通过一定标准对这些方案进行比较，帮助决策者在复杂的问题和环境中作出科学抉择。它的产生和发展标标志着人类的科学思维由以“实物为中心”逐渐过渡到以“系统为中心”，是科学思维的一个划时代突破。 在新课程中，三维目标是主要矛盾，知识和能力是主要矛盾的主要方面。在这三个维度中，知识和能力是基础，是核心，是最重要的一个维度，同时它又是其他两个维度发展的依托。生物素养的核心是生物能力，假如把生物素养比做一座大厦，由三维目标构成，知识与能力就是大厦的基座，过程和方法、情感态度和价值观就是上层建筑，基座稳固了，生物教学的根基才不会产生动摇，“上层建筑”也才能发展得越高。情感态度和价值观是重要的一维，没有它，将使生物教学回到课改前的状态，仍然是人文性的缺失。没有“过程和方法”的目标，所倡导的“自主、合作、探究”也将难以落实。在兼顾其它二维的情况下，知识和能力的坚实牢固，是生物新课程追求的目标。新课标指出，“课程目标根据知识和能力，过程和方法，情感态度价值观三个维度设计。三个方面相互渗透，融为一体，注重生物素养的提高。”教学中，我们要做好三维目标的整合，而不是把三个维度简单地叠加，要以“知识与能力”为主线，渗透情感、态度价值观，并充分地体现在过程和方法中。例如：《人体和动物内环境稳态》一章的三维目标是：知识目标1.概述动物和人体神经调节的结构基础和调节过程。2.说明神经冲动的产生和传导。3.概述人脑的高级功能。4.描述动物和人体的激素调节。5.举例说明神经、体液调节在维持稳态中的作用。6.描述体温调节、水盐调节、血糖调节。7.概述人体免疫系统在维持稳态中的作用。能力目标1.运用建构模型的方法，建立血糖调节的模型。2.尝试运用反馈调节的原理，解释一些生命现象。情感态度与价值观目标1.探讨动物激素在生产中的应用。2.讨论促胰液素的发现过程中，科学精神和科学态度的重要作用。3.认同毒品的危害，远离毒品。4.关注艾滋病的流行和预防。5.关注器官移植所面临的问题，进一步探讨科学、技术和社会三者之间复杂的互动关系。我们在教学中不要把三个目标孤立起来，而要做为一个整体来研究，抓住主要矛盾，要以知识目标为核心，兼顾能力和价值观的形成，把三者融合在一起。
相关概念
序列
数学上，序列是被排成一列的对象(或事件);这样每个元素不是在其他元素之前，就是在其他元素之后。这里，元素之间的顺序非常重要。
