1, Oligo Primer和Random Primers的区别
1、Oligo(dT ) Primer也可称为寡聚胸腺嘧啶引物,是只有胸腺嘧啶组成的寡居核苷酸链,长度范围在10~20个碱基之间,常用的Oligo(dT )Primer有15碱基、16碱基和18碱基。Oligo(dT ) Primer利用了碱基互补配对的原则以及mRNA含有poly(A)尾巴的特点,巧妙设计而成。由于这个特点,使得Oligo(dT ) Primer只能和mRNA配对,并在适宜的条件下完成反转录。原核生物的RNA,真核生物的rRNA和tRNA无poly(A)尾巴,因此用Oligo(dT ) Primer作为反转录引物时,这些RNA均不能作为模板。这限制了反转录后获得的总cDNA的数量和种类。另外,若mRNA过长,可能会形成二级结构,这时Oligo(dT ) Primer扩增也会有一定的困难。同样提示我们,在反转录时根据需要选择引物。2、Random Primers即随机引物,常用长度是6碱基或9碱基,它是一种混合体,在每一个位置上四种碱基都可以随机的出现,如AATCGC,TTAAGCG等,如此可以有46或49种组合。随机引物可以根据碱基情况结合到几乎所有的RNA上,包括mRNA、tRNA和rRNA。因此Random Primers适用于mRNA、tRNA和rRNA等所有RNA的反转录反应,适用于长的或具有发卡结构的RNA,对物种没有限制,病毒、细菌、植物、动物等都可使用。3、目前有的公司和实验室提倡Oligo(dT)和Random Primers混合使用,以此保障获得更为完整的cDNA。
3, polyA和oligo是什么?它在mRNA纯化和反转录中有什么作用
在mRNA纯化和反转录中有什么作用真核生物的mRNA分子是单顺反子,是编码蛋白质的基因转录产物。真核生物的所有蛋白质归根到底都是mRNA的翻译产物,因此,高质量mRNA的分离纯化是克隆基因、提高cDNA文库构建效率的决定性因素。哺乳动物平均每个细胞含有约1x10-5?g RNA,理论上认为每克细胞可分离出5~10mg RNA。其中 rRNA为75%~ 85%,tRNA占10%~16%,而mRNA仅占1%~5%,并且mRNA分子种类繁多,分子量大小不均一,表达丰度也不一样。真核生物mRNA有特征性的结构,即具有5"端帽子结构(m7G)和3"端的poly(A)尾巴——绝大多数哺乳动物细胞的3"端存在20~300个腺苷酸组成的poly(A)尾,通常用poly(A+)表示,这种结构为真核mRNA分子的提取、纯化,提供了极为方便的选择性标志,寡聚(dT)纤维素或寡聚(U)琼脂糖亲合层析分离纯化mRNA的理论基础就在于此。一般mRNA分离纯化的原理就是根据mRNA 3" 末端含有多poly(A)尾巴结构特性设计的。当总RNA流经寡聚(dT)(即oligo(dT))纤维素柱时,在高盐缓冲液作用下,mRNA被特异地吸附在oligo(dT)纤维素柱上,在低盐浓度或蒸馏水中,mRNA可被洗下,经过两次oligo(dT)纤维素柱,即可得到较纯的mRNA。
相关概念
mRNA
信使RNA是由DNA的一条链作为模板转录而来的、携带遗传信息的能指导蛋白质合成的一类单链核糖核酸。
dT
DataTechnology 数据处理技术
纯化
纯化镇位于博兴县东北部,滨州、东营两市交界处,是黄河三角洲开发的重要区域之一。纯化镇32个行政村,人口2.4万,版图面积84平方公里,耕地8万亩。广袤的土地、丰富的资源及充盈的劳动力,为农业开发和农副产品深加工提供了广阔的前景。